Pada hari serangan berlaku, Datuk Bandar Raya New York, Rudy Giuliani mengumumkan, "Kita akan membina semula. Kami akan bangkit dengan lebih kuat lagi daripada dahulu, iaitu lebih kuat dari segi politik mahupun ekonomi. Latar langit akan pulih kembali."[243] Perbadanan Pembangunan Manhattan Rendah yang dipertanggungjawabkan menyelaras usaha pembangunan semula tapak World Trade Center, mendapat bidasan kerana tidak banyak membuat apa-apa dengan dana besar yang diajukan kepada usaha pembinaan semula.[244][245]

Selain pembinaan semula 7 World Trade Center yang berdekatan dengan tapak utama dan siap pada tahun 2006, dan stesen PATH yang dibuka pada lewat tahun 2003, usaha pembinaan semula di atas tapak utama World Trade Center ditunda hingga akhir tahun 2006, apabila pemegang pajak, Larry Silverstein dan Lembaga Pelabuhan New York dan New Jersey mencapai persetujuan tentang pembiayaan bangunan baru.[246] One World Trade Center kini sedang dibina di tapak itu dan dijangka siap pada tahun 2011. Pada ketinggian 1,776 kaki (541 m), ia akan menjadi salah sebuah bangunan tertinggi di Amerika Utara, hanya mengekori Menara CN di Toronto.[247]

Tiga lagi menara dijangka dibina dari tahun 2007 hingga 2012 di atas tapak itu, dan akan terletak satu blok di timur tapak menara asal. Selepas kemelesetan akhir 2000-an, para pemilik tapak berkata bahawa pembinaan menara baru mungkin ditunda hingga tahun 2036.[248] Bahagian Pentagon yang musnah itu dibina semula dan sedia digunakan tidak lebih setahun selepas kejadian berlaku.[249]